中國首個應(yīng)用于臨床的第三代測序儀投產(chǎn),有望把一個人的全基因測序成本從1000美元降至100美元,但仍需進一步完善相關(guān)技術(shù)。
7月31日,南方科技大學生物系80后教授、瀚?;騽?chuàng)始人賀建奎宣布,自主研發(fā)的第三代基因測序儀GenoCare正式投產(chǎn),首筆訂單達到700臺測序儀。
21世紀經(jīng)濟報道記者獨家獲悉,該筆訂單合同期三年,購買方包括國內(nèi)外研究機構(gòu)和醫(yī)療機構(gòu)。目前測序儀已在科研市場應(yīng)用,但投入臨床市場所需的批文還在申報中。
賀建奎表示:“我們使用單分子測序,不需要擴增,并可大幅降低試劑消耗量,同時,所有試劑、儀器都在國內(nèi)生產(chǎn)、集成和組裝,成本因此降低,一個人的全基因組測序價格可降到100美元。”
截至目前,全球自主研發(fā)三代測序儀的企業(yè)只有三家,另外兩家分別是美國Pacific Biosciences和英國Oxford Nanopore Technologies.
過去的十余年里,三代測序主要在科研市場嶄露頭角,但因錯誤率高、成本高等原因始終未能進入臨床市場,更談不上產(chǎn)業(yè)化。
目前,基因測序市場的主流是二代測序,三代測序的樣本量、數(shù)據(jù)量需要積累,中下游應(yīng)用開發(fā)也剛起步。即便是應(yīng)用相對廣泛的二代測序,在各病種的覆蓋率也不算高,三代測序的普及之路更為漫長。
研發(fā)破壁估值15億
瀚?;蛞验_始在羅湖蓮塘工業(yè)園建設(shè)1萬平米的第三代測序儀生產(chǎn)線,建成之后產(chǎn)能將達到每年1000臺,產(chǎn)生50億元價值。
“除團體訂單外,我們的測序儀沒有公開發(fā)售,價格還不能透露,”賀建奎表示,“目前已進入小批量試產(chǎn)階段,年底生產(chǎn)線建好后可以大批量生產(chǎn),年終可接受國內(nèi)外醫(yī)院、科研機構(gòu)訂單,到明年年初,群眾就能用到三代測序服務(wù)了。”
深圳一名熟悉瀚?;虻耐顿Y機構(gòu)合伙人告訴21世紀經(jīng)濟報道記者:“瀚?;虻募夹g(shù)是吸收后創(chuàng)新。”
記者了解,賀建奎在斯坦福大學的導(dǎo)師斯蒂芬·奎克教授是一位擁有12家公司的企業(yè)家,也是世界上首個第三代單分子測序儀Helicos的發(fā)明人。資料顯示,Helicos公司于2004年創(chuàng)辦,并于2012年破產(chǎn)。
也是在2012年,賀建奎完成斯坦福大學博士后研究員的工作,回國入職南方科技大學,成為該校生物系第一位教師。同年,他創(chuàng)辦了瀚海基因,啟動國產(chǎn)三代測序儀研發(fā)。
起初行業(yè)內(nèi)外對這一項目并不看好,瀚海基因前4年也一直沒有銷售收入,研發(fā)遭遇資金危機,兩次險些關(guān)門倒閉。賀建奎直言:“一開始見了20多位風險投資人,無一例外都被拒絕,理由之一是當時還沒有在職教授創(chuàng)業(yè)的例子。”
另外,測序儀研發(fā)難度非常大,國產(chǎn)三代測序儀更是首次嘗試。賀建奎指出:“基因測序的樣品前處理非常復(fù)雜,耗費時間、人力,還需要有后續(xù)的生物信息及專業(yè)人才。三代測序儀要把這些集成在一起,改變二代測序的半自動場景,測完自動完成生物信息學分析,難度不小。”
測序儀研發(fā)對人才要求很高,其涉及光學、流體、化學、分子生物學、生物信息學和精密機械等,需要多學科交叉知識和人才。
即便到了今天,瀚海對人才的渴求依舊躍然紙上。記者獲悉,與生產(chǎn)線同時啟動的是瀚海研究院計劃,預(yù)計未來5年引入至少50名遺傳解讀分析專家以及50名醫(yī)學專家(包括生殖、腫瘤、傳染病等各學科).
2015年,瀚?;蚪K于拿到第一筆大額融資——南京中正科技投資1700萬元,同年,瀚?;虬l(fā)布了GenoCare原理樣機。此后,公司身價一路水漲船高,目前共獲得5輪、2億元風險投資,測序儀雖未真正走向市場,但估值已達15億元。
深圳一名中小企業(yè)投資機構(gòu)負責人告訴21世紀經(jīng)濟報道記者:“去年11月我們?nèi)タ吹臅r候,估值已經(jīng)10億元了,項目還很早期,對我們來說太貴,投不起。”
產(chǎn)業(yè)化起步大幅降低成本
采訪過程中,賀建奎多次提到,降低臨床基因測序成本,這也是二代測序儀的發(fā)力方向。
原中國科學院北京基因組研究所副所長于軍指出:“第一代測序儀測一個人的基因組測序接近30億美元,第二代降到1000美元,第三代使用單分子測序,不需要擴增,價格有望降到100美元。”業(yè)內(nèi)將其稱為摩爾定律,以說明價格急劇下降趨勢。
翻看基因測序成長史,第一代測序技術(shù)主要基于Sanger雙脫氧終止法的測序原理,結(jié)合熒光標記和毛細管陣列電泳技術(shù)來實現(xiàn)測序自動化,基本方法是鏈終止或降解法,人類基因組計劃就是基于一代測序技術(shù)。
第二代測序技術(shù)設(shè)備供應(yīng)商主要是Illumina,業(yè)內(nèi)普遍認為,其市場占有率達到70%。今年年初,Illumina公司宣布推出NovaSeq系列測序儀,據(jù)稱,其簡捷操作、低成本及靈活性有望將基因組測序成本降至100美元。
根據(jù)Illumina2017年第一季度財報,Illumina共收到135個NovaSeq測序儀訂單。不過,中國科學院院士陳潤生指出:“NovaSeq系列測序儀的使用窗口目前沒有開放。”
國內(nèi)基因企業(yè)也在通過技術(shù)合作、收購等方式破壁測序儀國產(chǎn)化。如Illumina和貝瑞和康、安諾優(yōu)達開發(fā)了一款適用于無創(chuàng)產(chǎn)前檢測的二代測序儀NextSeq CN500和NextSeq 550AR,并已獲得CFDA批準。
華大基因通過收購的方式布局,先后推出三款國產(chǎn)二代測序儀。華大基因CEO尹燁此前向21世紀經(jīng)濟報道記者透露:“算上臨床機構(gòu)、科研機構(gòu)和友商,國內(nèi)應(yīng)該已經(jīng)超過兩百多臺我們的測序儀在‘服役’了。”
第三代測序技術(shù)原理最早發(fā)表于2003年,后來,Pacific Biosciences和Oxford Nanopore相繼入局,Pacific Biosciences于2015年10月推出小型單分子測序儀Sequel。一名基因測序公司技術(shù)總監(jiān)告訴記者:“中國市場目前唯一的三代測序儀就是這家公司提供,也是針對科研市場。”
英美測序儀的研發(fā)起步雖早,但進展一直緩慢,臨床應(yīng)用更談不上。瀚海基因化學部副總監(jiān)趙陸洋告訴21世紀經(jīng)濟報道記者:“三代測序儀很受科研市場歡迎,因其提供了RNA直接測序的可能性,這是二代測序做不到的。”
上述投資機構(gòu)合伙人表示:“科研型測序儀對易用性、可靠性要求低一些,對可調(diào)節(jié)因素要求高一些,也不需要申請注冊證。相比之下,臨床市場的門檻高很多,空間也比較大。”
雖然瀚海基因?qū)ψ约旱臏y序儀信心滿滿,但在評價一款基因測序儀的三大核心指標:通量、讀長、準確度方面,瀚海基因卻三緘其口。
據(jù)賀建奎介紹,GenoCare第三代基因測序儀的核心技術(shù)為單分子熒光測序,此項技術(shù)使用全內(nèi)反射熒光成像方法,能夠檢測單個熒光分子,無需PCR擴增。
資料顯示,二代基因測序技術(shù)在上機測序前需要對樣本進行PCR擴增,可以在試管里、在很短的時間內(nèi),將待測基因擴增50萬倍乃至上百萬倍,這能提高基因診斷的靈敏度,但帶來問題是實驗要求比較高,成本也居高不下。
同時,賀建奎團隊聯(lián)合中美兩國科學家協(xié)作使用Genocare對大腸桿菌測序。數(shù)據(jù)結(jié)果顯示,Genocare與測序行業(yè)龍頭Illumina生產(chǎn)的MiSeq二代基因測序儀的一致性達到99.7%。
“預(yù)計明年年初會公開發(fā)售價格。臨床實驗也已經(jīng)啟動了,在走試驗、申報流程。其他領(lǐng)域如科研市場不需要醫(yī)療器械證就可以使用,這些領(lǐng)域已經(jīng)有我們的測序儀在應(yīng)用了。”賀建奎說。
應(yīng)用存短板核心部件依賴進口
研發(fā)出三代測序儀后,瀚?;蛞幻嬉苿哟笈可a(chǎn),一面要開拓中下游。
目前,基因測序已形成了明確的產(chǎn)業(yè)鏈分工:上游為設(shè)備和耗材供應(yīng)商;中游為第三方測序服務(wù)供應(yīng)商,需依賴設(shè)備投入、運營管理與終端維護開發(fā);下游為生物信息分析服務(wù)商。
賀建奎闡述了瀚海基因的商業(yè)模式:“中游的應(yīng)用開發(fā)比如腫瘤基因檢測、遺傳基因檢測、傳染病檢測,通過合作伙伴來完成。希望越來越多的測序服務(wù)公司和相關(guān)的機構(gòu)在我們測序儀上開發(fā)各類疾病檢測,形成生態(tài)圈,并且通過他們或者其他人把測序儀銷售到醫(yī)院。”
上下游企業(yè)的互相“成全”,也是Illumina和華大基因成長的路子。
前述投資機構(gòu)合伙人指出:“華大基因向Illumina購買了100多臺測序儀才成為第一,華大基因也通過這些測序儀開發(fā)出了很多服務(wù)。測序儀未來的銷售量如何,可能要依靠整個行業(yè),包括合作伙伴、臨床以及科研機構(gòu)有沒有充分地把臨床意義和科研意義發(fā)揮出來。”
記者在瀚海基因測序儀上市發(fā)布現(xiàn)場注意到,華大基因、北科生物、從事體外診斷的安圖生物等都有相關(guān)負責人到場,這些都是瀚海的潛在合作伙伴。
不過,是否牽手瀚?;蜻€需要考量。一家生物技術(shù)公司產(chǎn)品部負責人告訴21世紀經(jīng)濟報道記者:“瀚海的測序儀一次只能測一個人的全基因組,Illumina的人數(shù)會多一點。另外,現(xiàn)在體外診斷主要還是對已知疾病的檢測,瀚?;蛑饕窃缙诤Y查,這雖然是趨勢,但目前市場有限,二代測序也很早就在做了,樣本和數(shù)據(jù)更多。”
而更多的挑戰(zhàn)還是來自老問題:錯誤率高。
興證醫(yī)藥研報指出,第三代基因測序單讀長錯誤率依然偏高,在15%-40%,二代測序的錯誤率低于1%。前述中小企業(yè)投資機構(gòu)負責人告訴記者:“單分子測序不需要切斷DNA和RNA序列,看重對堿基對一下子讀下去能讀多長,而影響讀長的一個是機器,一個是生物合成酶。”
廣發(fā)證券也指出,單分子測序可收集到的信號非常弱,這對光電元件提出很高要求,雖然目前部分儀器已經(jīng)實現(xiàn)商業(yè)化,但離理想狀態(tài)還有較大距離。另外,還有測序通量不高、插入缺失錯誤等不足之處,這都影響了三代測序的推廣。
值得一提的是,與其他國產(chǎn)測序儀一樣,瀚?;驕y序儀核心零部件依舊需要進口,例如光學系統(tǒng)中的部分核心器件來自日本、德國,測序芯片和微流控系統(tǒng)需來自新加坡、美國。
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